这里是一些工具的分类。这里记录一些工具的使用方法和体验。
MNI152标准空间默认提供了一些高分辨率的影像,如0.6mm,0.8mm,1mm等。但是在处理DTI、fMRI时,这些模态常常是分辨率没有那么高的影像。那么如何对高分辨率影像做降采样呢?这里记录一个neuromaps的软件,它提供了一个专做mni影像降采样的函数mni2mni。
neuromaps.transforms.mni152_to_mni152(img, target='1mm', method='linear')
我自己也写了一个简单的python脚本来运行这个函数:
import neuromaps as nesimport nibabel as nibns3mm = nes.transforms.mni152_to_mni152('MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz','3mm')nib.nifti1.save(ns3mm,'MNI152_T1_3mm_brain.nii.gz')
这个脚本的功能是读取1mm分辨率的MNI影像后,用mni152_to_mni152将其空间降采样到3mm,然后保存降采样后的图像。
文章评论